In verità oggi non ho molto da aggiungere sull’argomento ma ormai il precedente Speciale Coronavirus 4 inizia a essere un po’ troppo datato ed è quindi tempo di pubblicarne uno nuovo.Ieri ho visto nascere come funghi numerose teorie sull’esercitazione Nato “Defender Europe 20” e sul contemporaneo arrivo di circa 20.000 soldati statunitensi in Europa.
Ciò che colpisce e preoccupa i più è la contemporaneità con la crisi sanitaria da Coronavirus che sembra diffondersi non solo in Italia ma anche in altre nazioni.
Le teorie che ne derivano sono essenzialmente due variamente miscelate insieme: 1. gli USA hanno già un vaccino; 2. Gli USA vogliono approfittare del momento per danneggiare gli interessi della Russia.
Personalmente però, senza ulteriori dati, non credo a queste teorie: semplicemente sarà stato valutato che la situazione sanitaria non fosse così grave da annullare l’esercitazione. Dopotutto gli eserciti devono essere in grado di combattere anche in caso di guerra batteriologica: magari l’epidemia di Coronavirus è anzi cinicamente vista come un’opportunità per verificare se e quanti soldati si infetteranno…
Stanotte ho ripensato alla possibile relazione fra il ceppo tedesco (quello di fine gennaio) e quello lombardo: sono giunto alla conclusione che il ceppo A deriva dal B se ne ha tutte le mutazioni più altre nuove; i ceppi A e B sono invece “fratelli” (mia definizione basata sulla rappresentazione grafica del sito NextStrain.org) se hanno sia un insieme di mutazioni comuni ma anche mutazioni diverse fra loro; i ceppi A e B sono invece “cugini” (mia definizione basata sulla rappresentazione grafica del sito NextStrain.org) se hanno se hanno un insieme di mutazioni comuni più piccolo di quello dei “fratelli” e delle mutazioni diverse fra loro: questo implica che il ceppo “cugino” è fratello del ceppo che ha originato i vari “fratelli”.
Partendo da queste ipotesi voglio quindi ricontrollare il sito NextStrain.org per vedere se riesco a comparare le mutazioni del ceppo tedesco con quello italiano.
Sono tentato di provare a usare l’API fornita dal sito ma inizialmente farò “manualmente” semplicemente confrontando insieme le diverse le schermate.
Prima verificherò l’ipotesi dei “fratelli” ovvero cercherò di capire se si vedono facilmente le mutazioni comuni fra due ceppi vicini fra loro nell’albero filogenetico (magari con 2 o 3 ceppi per essere sicuro) e poi verificherò l’ipotesi “cugini” in maniera analoga.
Se tutto va bene riuscirò a concludere qualcosa: ovviamente vi terrò informati…
[8:55]
Hanno riarrangiato i dati!
Per il resto sono sempre a cercare di capire: ho già trovato dei dati che sembrano duplicati ma che (per me!) incomprensibilmente si trovano in posizioni diverse sull’albero...
[10:00]
Ok… credo di aver capito come stanno le cose…
(Ah! i dati duplicati sono un mio errore: ero stato io ad aver copiato due volte la stessa informazione…)
Come al solito la logica informatica (ovvero applicata a l’interfaccia grafica del sito NextStrain.org) dei non informatici (in questo caso virologhi) mi aveva tratto in inganno.
Prima di tutto il grafico dell’entropia visualizza informazioni diverse in base a cosa si seleziona: se si seleziona un campione essa mostra le mutazioni di esso rispetto al virus “originale”; se però si seleziona un ramo grigio allora mostra la somma di tutti i campioni che derivano da tale ramo: per me avrebbe avuto più senso che mostrasse invece solo le mutazioni comuni a tutti i discendenti da esso.
La logica per stabilire una familiarità fra i diversi ceppi è solo quella delle mutazioni comuni: i ceppi che hanno delle mutazioni comuni sono fatti discendere dallo stesso ramo (e questo è logico anche per me); al contrario quando un ceppo A ha solo un sottoinsieme delle mutazioni del ceppo B (nessuna mutazione di A non appartiene a B), per me sarebbe logico concludere che il ceppo B deriva dal ceppo A ma invece il sito, per qualche ragione evidente solo ai virologi, continua a considerare A e B come “fratelli” e non come “antenato” e “discendente”.
In conclusione da un punto di vista meramente genetico il virus isolato a fine febbraio in Italia è discendente da quello tedesco di fine gennaio: questo però non significa automaticamente che vi sia una relazione diretta fra i due focolai, cioè che persone infettate in Germania abbiano poi causato le infezioni in Italia: semplicemente l’agente che ha provocato il focolaio in Lombardia aveva un virus derivato dallo stesso ceppo di quello del focolaio tedesco.
Il mio scetticismo su una connessione diretta fra i due focolai continua a essere la diversa entità del numero dei contagiati in Germania e in Italia.
Certo si possono fare delle ipotesi per spiegare questa apparente anomalia. Per esempio:
1. Uno degli infettati in Germania era italiano ed è “sfuggito” alla quarantena in Germania infettando poi la Lombardia.
2. In Italia si va a lavorare anche con lieve febbre e tosse mentre in Germania ci si riguarda di più sia per se stessi che per non contagiare i colleghi (in Olanda era così). Quindi anche se il contagio fosse arrivato in Italia dopo che in Germania poi si sarebbe però diffuso più rapidamente.
Non so: due ipotesi tirate fuori dal cilindro sul momento…
In questa immagine, in ordine sparso, le mutazioni dei diversi ceppi di Coronavirus che ho confrontato fra loro e da cui (insieme a numerose altre prove) ho tratto le mie conclusioni:
L’ordine in cui ho elencato i diversi ceppi non corrisponde con quello dell’albero della filogenesi: comunque, anche se esso è ordinato per “divergence” e non “time”, ha i ceppi più vecchi (tedesco a italiano) a sinistra: lo so, se avessi aggiunto dei numerini sarebbe stato più chiaro...
Incidentalmente ho scoperto un’altra cosa: ricordate i toni entusiastici (tipo: Il team in rosa che ha isolato il virus. "Abbiamo cullato il virus e avuto un po' di fortuna" da HuffingtonPost.it) quando un gruppo di ricercatori italiani isolò il ceppo che aveva colpito la coppia di cinesi in vacanza a Roma?
Ebbene osservando il sito NextStrain.org non sembra niente di particolarmente eccezionale: lo stesso hanno fatto oltre un centinaio di gruppi di ricercatori (considerando che il sito contiene 128 ceppi diversi) in tutto il mondo!
Articolo durissimo sull’operato del governo che, in pratica, ripete molte delle mie argomentazioni scritte nei giorni scorsi:
Coronavirus, calcoli sbagliati: le gravi responsabilità del governo di Luca Ridolfi su IlMessaggero.it
[13:00]
Varie sul Coronavirus dal canale su Youtube di MedCram - Medical Lectures Explained CLEARLY.
1. In Corea del Sud la mortalità si sta attestando allo 0,6%. Questo perché stanno controllando le persone per il virus in maniera estremamente aggressiva (hanno fatto 140.000 tamponi e inoltre quello che usano è più sensibile individuando il virus il 95% delle volte): trovando quindi moltissime persone positive (magari con pochi o senza sintomi) diminuisce di conseguenza la mortalità.
2. La stima della mortalità del virus per l’OMS è del 3,4% (l’influenza è data allo 0,1%); l’83% dei casi hanno sintomi lievi mentre il 17% sono critici.
3. Secondo una ricerca cinese pubblicata il 3 marzo, almeno in Cina, circolano due famiglie di ceppi di Coronavirus: una (tipo “S”) dà sintomi lievi e si diffonde meno, l’altra (tipo “L”) più gravi e si diffonde più rapidamente. È possibile anche averle entrambe contemporaneamente. Se ho ben capito in Italia abbiamo la versione più aggressiva e grave: il sito NextStrain.org non è aggiornato e considera il tipo “L” più “vecchio del tipo “S”: la conseguenza è che considera la mancanza delle due mutazioni critiche (posizioni 8782 e 28144) come mutazioni! Ebbene sì: ho dato una scorsa al PDF originale per verificare alcuni dettagli…
4. Carenza di zinco potrebbe favorire la moltiplicazione del virus: anche in questo caso, per sicurezza, converrebbe integrare (oltre alla vitamina D, la C non sembra servire in questo caso).
[8/3/2020 8:50]
Ho dato un’occhiata alle notizie sui vari quotidiani in linea. Come al solito mi ha colpito la superficialità del governo che è stavolta è riuscito a lasciarsi sfuggire la bozza del decreto con le misure per contenere il Coronavirus col risultato della fuga e della corsa ai treni da Milano al resto d’Italia.
Ancora non ho avuto voglia di leggere i dettagli del provvedimento: so solo quello che traspare e si intuisce dai titoli.
Una considerazione importante è già però possibile: se la zona di quarantena viene allargata significa che la precedente era insufficiente a contenere il virus. Un errore di sottovalutazione del pericolo: lo stesso errore l’avrebbe fatto qualunque governo? Probabile: ma la responsabilità è comunque di chi governa. Alla base vi è una carenza di cultura scientifica del mondo politico (non solo italiano).
Ma vi sono provvedimenti per aumentare i posti letto? Cioè in Cina hanno costruito i due ospedali da campo: noi che aspettiamo? Vogliamo ammucchiare i malati per le strade?
Decenni di tagli alle spese hanno reso il nostro sistema sanitario più debole e meno capace di rispondere a un’emergenza di questo tipo. È un’ovvietà, nel mio piccolo da anni lo ripeto, ma mi sembra giusto ribadirlo. Grazie UE quindi…
Ah, ieri ho letto un articolo (Coronavirus, il paziente zero in Europa potrebbe essere un 33enne tedesco da TG24.Sky.it), vecchio di qualche giorno (in realtà ho verificato che è di ieri 7 marzo!), sull’ipotesi da dove sia arrivato il ceppo del Coronavirus che sta infettando l’Italia. Si ripeteva la vecchia storia dell’origine dal focolaio tedesco di fine gennaio: c’era però un elemento nuovo importante. L’azienda dove lavoravano i contagiati tedeschi ha anche un ufficio a 45 Km da Codogno. Questa mi pare una relazione importante e andrebbe verificato se chi vi lavora è infetto o no: intendiamoci, ormai la frittata è fatta, ma se si scoprisse che il virus è arrivato attraverso le frontiere interne della UE si alleggerirebbe la responsabilità politica del governo Conte. Resterebbe sempre da spiegare l’anomalia del diverso numero di contagiati in Germania e Italia…
[8/3/2020 12:40]
Ma per sbaglio questo governo farà qualcosa con cui sono d’accordo nella gestione dell’emergenza?
Perché rinviare o sospendere il campionato di calcio se si gioca a porte chiuse?
Alcuni giornalisti dicono che è per tutelare la salute dei calciatori: e perché questo trattamento speciale? Chi lavora in un supermercato, in un ufficio o in una fabbrica non rischia lo stesso o ancora di più?
Poi possibile che non si consideri l’effetto psicologico benefico che questo intrattenimento, in quanto distrazione, riesce a dare agli appassionati?
Ma poi perché queste decisioni si devono prendere 10 minuti prima dell’inizio delle partite?
Dopo tutte le polemiche della scorsa settimana non si è capito niente?
Scusate lo sfogo ma sono molto irritato...
Ah, un’altra considerazione che ho in mente da parecchio tempo e che mi dimentico sempre di fare: ma quanto sono lunghi i tempi per guarire da questa malattia? In particolare chi ha bisogno della terapia intensiva per quanti giorni occupa il letto?
La mia sensazione è che i tempi siano molto lunghi: la coppia di anziani cinesi vi è rimasta circa un mesetto ma anche l’italiano di 38 anni non ne è ancora uscito eppure sono già passate due settimane…
Insomma mi sembra che anche di questo fattore molto significativo se ne sappia molto poco e non lo si consideri abbastanza. Ma è fondamentale invece: se già adesso gli ospedali lombardi sono saturi e se nuovi posti non si libereranno prima di altre 2/3 settimane allora dove verranno messi i nuovi casi?
Il governo ha un piano per questo aspetto dell’emergenza? Il fatto che non se ne sappia nulla mi fa temere il peggio...
[8/3/2020 14:00]
Parma-Spal è iniziata.
Durerà fino a stasera il buon senso?
[8/3/2020 16:10]
Allora le partite sono incominciate ma già incombe lo sciopero dei calciatori!
Che roba…
Molto più interessante è la questione dell’origine del ceppo lombardo del Coronavirus del quale ho scritto ieri: vedi sopra…
Un’amica ha condiviso su FB il seguente articolo: Coronavirus. Il paziente “0” è tedesco? Quando caccia all’untore non porta da nessuna parte di Camilla de Fazio su QuotidianoSanita.it
Ovviamente me lo sono “bevuto” ma l’autrice ha fatto un po’ di confusione: il primo errore è quello che avevo fatto io il 4 marzo appena “scoperto” il sito NextStrain.org, ovvero poiché un campione non è alla base di un ramo dedurne che non può esserne l'antenato comune. Inoltre l’autrice ha scritto che il campione tedesco di fine gennaio non è quello legato alla vicenda dei contagiati dalla dirigente cinese in visita in Germania: ma anche in questo caso credo (qui ho un pizzico di incertezza) che abbia interpretato male quanto scritto su NextStrain.org
Sì perché la solita amica mi ha anche mandato questo collegamento: Global Spread from Lombardy, Italy su NextStrain.org
Qui si conferma quanto avevo scritto ieri:
1. il ceppo tedesco di fine gennaio è un antenato compatibile del ceppo lombardo.
ma
2. l’introduzione in Italia potrebbe essere arrivata separatamente, ovvero non dal focolaio bavarese ma (probabilmente) dalla Cina.
In pratica non c’è ancora una risposta definitiva ma sono contento di aver trovato una menzione esplicita che ricalca la mia ipotesi di un contagio in Italia separato e parallelo a quello tedesco: questo spigherebbe bene perché il numero dei contagiati in Italia sia molto superiore che in Germania: in questo caso il virus sarebbe semplicemente arrivato prima da noi…
Anzi, continuando a indagare, ho trovato questa ricerca: First cases of coronavirus disease (COVID-19) in Brazil, South America (2 genomes, 3rd March 2020) di Nuno Faria su Virological.org
Onestamente l’articolo è un po’ troppo complesso per me ma da una lettura veloce sembrerebbe emergere l’ipotesi che in Italia vi siano state introduzioni MULTIPLE di più ceppi di Coronavirus.
SE ho capito bene (come ho detto l’articolo è complesso e potrei aver capito male io) questo ingigantirebbe le responsabilità del governo che con la sua superficialità avrebbe facilitato notevolmente la diffusione della malattia con gli esiti tristemente noti.
[8/3/2020 17:30]
Colpo di scena!
Ho riletto con più attenzione l’articolo First cases of coronavirus disease (COVID-19) in Brazil, South America (2 genomes, 3rd March 2020) di Nuno Faria su Virological.org e confermo che avevo capito bene: i ceppi che girano in Italia hanno origine multiple!
La dimostrazione è semplice: il genoma del Coronavirus di due brasiliani infettati in Italia (entrambi erano stati in Lombardia) a fine febbraio è stato analizzato.
Il primo ceppo individuato, SPBR-01, è parente del ceppo lombardo e fin qui niente di strano.
Il secondo ceppo, SPBR-02, invece non ha niente a che fare con quello isolato in Lombardia!
Di seguito il confronto:
Se avessi voglia potrei fare un’ulteriore verifica analoga controllando il genoma del Coronavirus di persone infettate in Italia. Ad esempio oggi sono arrivate moltissime analisi dall’Olanda e ad occhio (vedi immagine) ci sono tre famiglie di ceppi (quello “lombardo” sarebbe quello centrale).
Forse potrei farlo per paesi con meno casi: vedremo, dai…
Conclusione: e io ho anche le vie aeree delicate...
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